Il differenza fondamentale tra UTR e introne è quello UTR è una sequenza nucleotidica non codificante inclusa nella sequenza di mRNA maturo mentre l'introne è una sequenza che non è inclusa nella molecola di mRNA maturo.
UTR o regione non tradotta è una sequenza non codificante che si trova nella molecola di mRNA. In ogni lato della sequenza di mRNA, possiamo vedere un UTR. Pertanto, ci sono due UTR come 5'UTR e 3'UTR. Al contrario, un introne è una sequenza non codificante che si trova tra gli esoni del gene. Gli introni vengono separati durante la produzione di mRNA. Quindi, gli introni non sono visti nella sequenza dell'mRNA. Tuttavia, sia UTR che introne sono elementi importanti dei genomi eucariotici.