La differenza fondamentale tra l'atavismo e l'evoluzione retrogressiva è che l'atavismo è l'improvvisa ricomparsa di caratteri ancestrali in un individuo mentre l'evoluzione retrogressiva è il movimento di specie nell'intera popolazione verso caratteri primitivi.
I tratti possono apparire o scomparire nel tempo. Durante il processo evolutivo, i tratti ancestrali sono cambiati o scomparsi nel corso delle generazioni. Inoltre, gli organismi si sviluppano da forme più semplici a forme complesse. La selezione naturale è un meccanismo chiave dell'evoluzione. Atavismo ed evoluzione retrogressiva sono due concetti che spiegano la semplificazione di una struttura. L'atavismo è la ricomparsa di un tratto ancestrale che era stato perso durante l'evoluzione. Nell'evoluzione retrogressiva, gli organismi si sviluppano in forme più semplici da forme complesse. In entrambi i casi, gli organismi si muovono verso caratteristiche primitive.