Il differenza fondamentale tra cromatofocalizzazione e messa a fuoco isoelettrica è che il cromatofocalizzazione è un tipo di metodo di cromatografia su colonna che utilizza resine a scambio ionico mentre la focalizzazione isoelettrica è un tipo di tecnica di elettroforesi che utilizza gel a gradiente di pH immobilizzati.
La cromatofocalizzazione e la focalizzazione isoelettrica sono due tecniche che separano le proteine in base ai loro punti isoelettrici. Sia la cromatofocalizzazione che la messa a fuoco isoelettrica hanno un grande potere risolutivo. La cromatofocalizzazione è un metodo di cromatografia su colonna ad alta risoluzione mentre la focalizzazione isoelettrica è un metodo di separazione elettroforetica. Inoltre, la cromatofocalizzazione non utilizza un campo elettrico mentre la focalizzazione isoelettrica necessita di un campo elettrico.
