La differenza fondamentale tra acetil CoA e acil CoA è che l'acetil CoA (o acetil coenzima A) aiuta nel metabolismo di proteine, carboidrati e lipidi mentre l'acil CoA (o acil coenzima A) aiuta nel metabolismo degli acidi grassi.
L'acetil CoA è molto utile per fornire il gruppo acetile al ciclo di Krebs per la produzione di energia. Un gruppo acetile è un gruppo funzionale avente la formula chimica -C (O) CH 3. Un gruppo acile è anche un gruppo funzionale avente la formula chimica –C (O) R dove il gruppo R è una catena laterale di acidi grassi. È utile nella produzione di energia tramite conversione in acetil CoA.
