La differenza fondamentale tra cianobatteri e proteobatteri non può essere dedotta in modo specifico. Tuttavia, i cianobatteri, noti come alghe blu-verdi, sono completamente fotosintetici mentre i proteobatteri compongono un'ampia varietà di organismi gram negativi di cui alcuni organismi sono fotosintetici.
Sebbene i cianobatteri e i proteobatteri condividano molte caratteristiche in comune, in base alla loro capacità di fotosintetizzare, possono differire l'uno dall'altro. Tuttavia, entrambi sono organismi importanti dal punto di vista industriale e organismi che causano malattie.
