Il differenza fondamentale tra il codone di inizio e il codone di arresto è quello il codone di inizio è la sequenza trinucleotidica che segna l'inizio della sequenza che si traduce in una proteina mentre il codone di arresto è la sequenza trinucleotidica che segna la fine della sequenza che si traduce in una proteina.
Il codice genetico di un gene contiene le istruzioni necessarie per produrre una proteina specifica. Contiene sequenze trinucleotidiche note come codoni. Ogni codone specifica un amminoacido. Gli aminoacidi sono i mattoni di una proteina. Il codice genetico di ciascun gene inizia con un codone iniziale e termina con un codone di arresto. Pertanto, il codone di avvio segna il sito in cui inizia la traduzione in proteine. Il codone di arresto, d'altra parte, segna il sito in cui termina la traduzione in proteine. Pertanto, possiamo identificare questi due codoni come due segni di punteggiatura nel codice genetico. Entrambe sono sequenze trinucleotidiche specifiche.
